U małych dzieci, w przypadku zaburzeń hormonalnych, leczenie może polegać na wstrzyknięciach Testosteron, którego dawkowanie i regularność ustala endokrynolog. Ten dobrze przeprowadzony zabieg zwiększa rozmiar penisa. Kiedy mikropenis jest spowodowany przez tkanki prącia, które są niewrażliwe na testosteron, ta terapia hormonalna nie przynosi efektu.

Im wcześniej wykryty zostanie mikropenis, tym szybciej zostanie wprowadzone leczenie, tym skuteczniejsze będzie. Leczenie może być również konieczne w okresie dojrzewania. Po okresie dojrzewania leczenie hormonalne nie jest już skuteczne, ponieważ tkanki nie reagują już w ten sam sposób.

Chirurgiczne leczenie mikropenisa     

W wieku dorosłym, gdy mikropenis nie był leczony lub gdy leczenie nie było wystarczająco skuteczne, chirurgia jest możliwe. Jednak nie zawsze daje to przekonujące wyniki.

Sekcja więzadła suspensywny prącia, który przechodzi od prącia do łona, może zostać zaoferowany. W żaden sposób nie modyfikuje penisa, ale częściowo odrywa go od łona, wydłużając jego długość. Obserwowany przyrost wynosi od 1 do 2 cm w stanie wiotkim i 1,7 cm w stanie erekcji. To wydłużenie uzyskuje się kosztem niestabilnego penisa w stanie erekcji, ponieważ jest on słabiej przyczepiony do łona, co może utrudniać penetrację.

THEautologiczny wstrzyknięcie tłuszczu polega na wstrzykiwaniu tłuszczu badanego pod skórę jego penisa. Nie wydłuża to w żaden sposób penisa, ale wizualnie go pogrubia. Tylko część wprowadzonego tłuszczu nie jest z czasem wchłaniana przez organizm (10 do 50% w zależności od pacjenta). Resorpcja może być nierównomierna i prowadzić do pojawienia się „różańca”.

Mikropenis może mieć istotne reperkusje psychologiczne, szczególnie w okresie dojrzewania, ważne jest, aby osoba otrzymała pomoc i uwzględniono jej wątpliwości.