Leczenie zaczyna się od przejęcia odpowiedzialności za czynniki odpowiedzialne za wystąpienie zapalenia żołądka (o ile je znamy!). Dlatego lekarz może zasugerować zaprzestanie stosowania NLPZ do czasu ustąpienia objawów. 

W ostrym zapaleniu żołądka, które zwykle trwa tylko kilka dni, lekarz może zachęcać pacjenta do przyjmowania płynnych posiłków, które pozwalają odpocząć żołądkowi. Leki zobojętniające sok żołądkowy mogą przynieść ulgę. 

W przypadku przewlekłego zapalenia żołądka postępowanie jest inne. Jeśli jest to spowodowane obecnością bakterii Helicobacter pylorirozpoczyna się leczenie antybiotykami (np. amoksycylina i klarytromycyna). Do tego można dodać opatrunki żołądkowe, leki przeciwbólowe lub leki zmniejszające kwaśność soku żołądkowego, takie jak inhibitory receptora histaminowego H2, zwane również lekami przeciwhistaminowymi H2 lub inhibitorami pompy protonowej (PPI, takie jak esomeprazol, lanzoprazol, omeprazol, pantoprazol i rabeprazol).